新PCでそこまでEclipse Junoをいじっていなかったので気づかなかったが、 タブ移動時に一瞬画面全体が黒くチラつく現象に気づく。
なんか気持ち悪いので以下の対応で解決。
1:ビデオドライバを最新にした 自分のPCはNVIDIA系のチップ(GT640)なのでNVIDIAからDL。
2:Windowsの視覚パフォーマンスを調整した 具体的には、システムの詳細設定からパフォーマンスオプションで 「デスクトップコンポジションを有効にする」をOFF。

これで直った。 タイトルバーやタスクバーが半透明にならなくなるけど 正直作業に集中し始めたらそんな所、気にならないし、 半透明になってないと不利な点ってないはず。
もしくはEclipse Juno ではなく1つ前の Indigo (3.7) の方が良いかも。 会社のマシン(RADEON)でもEclipse Juno を試したら同じ症状が発生した。(3.7だと無問題)